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A first tutorial for 'gscramble'20 hours ago
Input Data | Matrix of genotype data. Geno | Individual meta data. I_meta | Marker meta data. M_meta | Recombination rates. RecRates | Making a RecRates-like tibble from a plink map file | Genome Simulation Pedigree. GSP | A four-population GSP. gsp4 | Mapping populations/collections to founding populations. RepPop | Segregating Chunks of Genome Without Replacement | Visualizing those chunks of genome | Simulating alleles at markers within segments | To and From plink Format
Permutation Options in 'gscramble'2 years ago
Pedigrees Available from create_GSP()4 years ago
F1 = TRUE,      F2 = FALSE,      F1B = FALSE,      F1B2 = FALSE,      | F1 = FALSE,      F2 = TRUE,      F1B = FALSE,      F1B2 = FALSE,      | F1 = TRUE,      F2 = TRUE,      F1B = FALSE,      F1B2 = FALSE,      | F1 = FALSE,      F2 = FALSE,      F1B = TRUE,      F1B2 = FALSE,      | F1 = TRUE,      F2 = FALSE,      F1B = TRUE,      F1B2 = FALSE,      | F1 = FALSE,      F2 = TRUE,      F1B = TRUE,      F1B2 = FALSE,      | F1 = TRUE,      F2 = TRUE,      F1B = TRUE,      F1B2 = FALSE,      | F1 = FALSE,      F2 = FALSE,      F1B = FALSE,      F1B2 = TRUE,      | F1 = TRUE,      F2 = FALSE,      F1B = FALSE,      F1B2 = TRUE,      | F1 = FALSE,      F2 = TRUE,      F1B = FALSE,      F1B2 = TRUE,      | F1 = TRUE,      F2 = TRUE,      F1B = FALSE,      F1B2 = TRUE,      | F1 = FALSE,      F2 = FALSE,      F1B = TRUE,      F1B2 = TRUE,      | F1 = TRUE,      F2 = FALSE,      F1B = TRUE,      F1B2 = TRUE,      | F1 = FALSE,      F2 = TRUE,      F1B = TRUE,      F1B2 = TRUE,      | F1 = TRUE,      F2 = TRUE,      F1B = TRUE,      F1B2 = TRUE,     
whoa Tutorial7 years ago
A quick run | Packages | Lobster data | Make a quick genotype frequency scatter plot | Now infer an overall heterozygote miscall rate. | Now infer a miscall rate for read depth bins